Parafia powstała w 1994 roku, ale salezjańska obecność na Oruni zaczęła się niemal pół wieku wcześniej. Jej historię tworzą odbudowa kościoła, praca z młodymi i wspólnota, która rosła wokół niewielkiej świątyni.
Wiosną 1945 roku Gdańsk był miastem zniszczeń i wielkich zmian. Wśród przybywających duchownych znalazł się salezjanin ks. Jan Domino. 28 maja otrzymał od bp. Carla Marii Spletta zgodę na rozpoczęcie pracy w diecezji i objęcie dawnego ewangelickiego kościoła św. Jerzego na Oruni. Świątynia wymagała napraw, lecz już 18 czerwca została poświęcona pod wezwaniem Najświętszego Serca Pana Jezusa. Później zabezpieczano i odnawiano dach, wieżę oraz okna.[1]
Salezjanie przywieźli ze sobą sposób pracy wyrastający z doświadczenia św. Jana Bosko: obecność przy młodych, wychowanie i duszpasterstwo połączone z codziennym spotkaniem. Już jesienią 1945 roku na placu przy kościele działało niewielkie oratorium. Rozwijała się grupa ministrantów, a w styczniu 1946 roku zorganizowano jasełka. W mieście, do którego napływały rodziny z różnych stron, takie spotkania pomagały poznawać sąsiadów i odnajdywać swoje miejsce.[1]
Nie była to jeszcze osobna parafia. Kościół miał status rektoralnego i pozostawał związany z parafią św. Ignacego Loyoli na Starych Szkotach. Pracujący przy nim salezjanie prowadzili własne duszpasterstwo, ale formalne obowiązki parafialne należały do pobliskiej parafii. Ta różnica między codziennym życiem wspólnoty a jej statusem prawnym utrzymywała się przez dziesięciolecia.[1]
W latach powojennych rozwój placówki ograniczała polityka władz komunistycznych. Problemy z meldunkiem utrudniały kierowanie do Gdańska kolejnych księży. Mimo tego przy kościele rosły grupy młodzieżowe, chór, Żywy Różaniec i działalność charytatywna. Wśród ministrantów organizowano wyjazdy, muzykę i zajęcia rozwijające zainteresowania. Kościół stawał się miejscem spotkania różnych pokoleń mieszkańców Oruni.[1]
Stopniowo porządkowano również sprawy formalne. Decyzja z 20 lipca 1972 roku potwierdziła własność salezjańskich nieruchomości, a 19 czerwca 1979 roku erygowano dom zakonny pod wezwaniem Dobrego Pasterza. To wydarzenie dotyczyło wspólnoty zakonnej; na powstanie parafii trzeba było jeszcze poczekać.[1]
Przełom nastąpił w 1994 roku. Abp Tadeusz Gocłowski wydał 24 czerwca dekret tworzący parafię św. Jana Bosko. Wszedł on w życie 15 lipca — i tę datę obchodzimy jako początek parafii. Jej pierwszym proboszczem został dotychczasowy rektor kościoła, ks. Jan Darmograj SDB. Wspólnota, od dawna skupiona wokół salezjanów, otrzymała własne ramy parafialne.[1–2]
Z czasem do duszpasterstwa dołączyły kolejne formy troski o lokalną pamięć. W 2015 roku przy kościele odsłonięto pomnik Danuty Siedzikówny „Inki”, której młodość również łączyła się z salezjańskim wychowaniem.[3] Dzisiaj życie parafii nadal wyrasta ze spotkania przy ołtarzu i z pracy z dziećmi oraz młodzieżą. Oratorium pozostaje jednym z najbardziej rozpoznawalnych znaków obecności księdza Bosko na Oruni.[4]